多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序(序列，一般從C端-羧基端 向 N端-氨基端)不斷添加、反應、合成，操作終得到多肽載體。固相合成法，大大的減輕了每步產(chǎn)品提純的難度。為了防止副反應的發(fā)生，參加反應的氨基酸的側(cè)鏈都是保護的。羧基端是游離的，并且在反應之前必須活化。固相合成方法有兩種，即Fmoc和tBoc。由于Fmoc比tBoc存在很多優(yōu)勢，現(xiàn)在大多采用Fmoc法合成，但對于某些短肽，tBoc因其產(chǎn)率高的優(yōu)勢仍然被很多企業(yè)所采用。
具體合成由下列幾個循環(huán)組成：
1) 去保護：Fmoc保護的柱子和單體必須用一種堿性溶劑(piperidine)去 除氨基的保護基團。
2) 激活和交聯(lián)：下一個氨基酸的羧基被一種活化劑所活化。活化的單體與游離的氨基反應交聯(lián)，形成肽鍵。在此步驟使用大量的超濃度試劑驅(qū)使反應完成。循環(huán)：這兩步反應反復循環(huán)直到合成完成。
3) 洗脫和脫保護：多肽從柱上洗脫下來，其保護基團被一種脫保護劑(TFA) 洗脫和脫保護。
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